报错

limin@limin-deepin:~$ tophat
  File "/usr/bin/tophat", line 1003
    except getopt.error, msg:
                       ^
SyntaxError: invalid syntax

原因

TopHat 是使用 python2 做解释器的，但是由于我设置了 anaconda 的环境变量，现在系统的默认 python 环境是 3.8.8

解决方法

修改 python 解释器，改成 2.x 版本的

sudo gedit /usr/bin/tophat

将 tophat 的注释行改成 #!/usr/bin/env python2.7